29 сентября 2008 года Федеральное агентство воздушного транспорта (Росавиация) приняло решение об изменении срока приостановления сертификата эксплуатанта "Авиакомпании "Красноярские авиалинии" и "Авиакомпании "Домодедовские авиалинии" - с 30 сентября 2008 года на 28 октября 2008 года. Об этом сообщила пресс-служба Росавиации. Одновременно с 00 часов 00 минут 30 сентября 2008 г. Росавиацией приостановлено действие сертификата эксплуатанта № 231 ОАО "Авиакомпании "Самара", а с 5 октября 2008 г. сертификат эксплуатанта будет приостановлен у "Авиакомпании "Омскавиа" и "Сибирской авиатранспортной компании", также входивших в авиаальянс "ЭйрЮнион".

Данное решение Росавиации продиктовано необходимостью завершения указанными авиакомпаниями выполнения программ полетов по летнему расписанию, а также во избежание массовых срывов авиаперевозок и нарушения прав пассажиров. В зимнем расписании рейсы бывших участников авиаальянса "ЭйрЮнион" возьмет на себя авиакомпания "Атлант-Союз", в соответствии с планом оперативного штаба по урегулированию сбойных ситуаций, а также приказом Росавиации от 22 августа 2008 г. по проведению внеплановых инспекционных проверок авиакомпаний, входящих в авиаальянс "ЭйрЮнион".

Проверки проводилась в связи с ухудшением основных финансово-экономических показателей деятельности эксплуатантов и в соответствии с п. 83 ФАП "Сертификационные требования к эксплуатантам коммерческой гражданской авиации. Процедуры сертификации", утвержденных Приказом Минтранса России от 04.02.2003 г. № 11 (зарегистрированы Минюстом России 24.03.2003 г., № 4314). За время работы инспекционной комиссии Росавиации принимались все исчерпывающие меры по нормализации ситуации, возникшей с ненадлежащим выполнением авиакомпаниями авиаальянса "ЭйрЮнион" своих обязательств по перевозке пассажиров в соответствии с заявленным расписанием. Были вручены инспекторские предписания авиакомпаниям альянса "ЭйрЮнион", неоднократно прошли совещания с представителями альянса, госкорпорации "Ростехнологии" и Минтранса России для выработки путей решения и погашения финансовой задолженности. Практически все шаги по нормализации и выходу из создавшейся критической ситуации были исчерпаны, что, в основном, обеспечило доставку авиапассажиров авиальянса "ЭйрЮнион" к началу нового учебного года. Авиакомпаниям альянса было также предоставлено время для устранения недостатков по выполнению своих обязательств по перевозке авиапассажиров, однако это не привело к принципиальному улучшению ситуации внутри авиаальянса, говорится в сообщении агентстсва.